В декабре 1930 года в Москве прошли массовые аресты духовенства и монашествующих. 28 декабря сотрудники ОГПУ провели обыск в квартире, где жил игумен Сергий. 13 января 1931 года отец Сергий был допрошен. Основной вопрос следователя был об отношении священника к советской власти. Не отрицая того, что в «настоящее время Церковь переживает большие гонения», отец Сергий, однако, заметил, что все это посылается за наши грехи, а насчет власти‑то всякая власть от Бога, и ей нужно подчиняться. Однако следователи не были удовлетворены данным им религиозным объяснением происходящих в стране событий, и 8 февраля 1931 года игумен Сергий был приговорен к трем годам ссылки в Северный край.
Сначала он был отправлен этапом в Архангельск, из Архангельска – в небольшой городок Пинегу, а оттуда – в село Кулой Пинежского района, где прожил до окончания срока ссылки.
28 февраля 1934 года игумен Сергий возвратился в Москву, но здесь ему жить, как бывшему в ссылке, не разрешили, и он поселился в Кашире, а затем, после того, как был назначен служить в Никольскую церковь в селе Никольское-Головинское Шаховского района, переехал туда. В Никольской церкви отец Сергий служил до наступления массовых арестов в 1937 года.
Свидетелями обвинения против него 24‑го и 25 ноября 1937 года выступили к тому времени бывший и занявший эту должность вслед за ним председатели сельсовета. Они утверждали, что игумен Сергий отказался подписываться на заем и при этом говорил: «Отвяжитесь вы от меня, ироды, не буду я платить советской власти ни одной копейки. Советская власть у нас последние доходы отбирает, не разрешает нам ходить по приходу, обдирает разными налогами, и помогать мне советской власти совершенно не за что, так как кроме надругательства над духовенством я от нее ничего хорошего не видел».
1 декабря 1937 года отец Сергий был арестован, заключен в волоколамскую тюрьму и на следующий день допрошен. Следователь заявил, будто следствию известно, что священник вел среди населения контрреволюционную агитацию.
– Никакой контрреволюционной агитации против советской власти и против проводимых мероприятий партии и советской власти я не вел, — ответил игумен Сергий.
– Следствию известно, что весной 1937 года вы вели контрреволюционную агитацию против мероприятий партии и советской власти в части реализации государственных займов.
– Никакой контрреволюционной агитации против реализации займов я нигде и никогда не вел.
В тот же день допросы были закончены, и на следующий день, 3 декабря 1937 года, тройка НКВД приговорила его к десяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере. 5 февраля 1938 года отец Сергий прибыл с этапом в исправительно-трудовой лагерь в Амурской области, 30 декабря 1940 года он был этапирован в Бушуйский лагерь в той же области, 1 марта 1941 года – в Свободненский лагерь. Игумен Сергий (Чернухин) скончался 9 ноября 1942 года в Свободненском исправительно-трудовом лагере Амурской области и был погребен в безвестной могиле. Память его совершается 27 октября (9 ноября).
Заказать рукописную икону преподобномученик Сергий (Чернухин)