В 1929 году иеромонах Геннадий был арестован по обвинению в «контрреволюционной деятельности», но за недоказанностью обвинения вскоре освобожден. После освобождения из-под ареста отец Геннадий служил на приходах Ростовского уезда и с 1938 года был настоятелем храма в селе Петровское Ярославской области (ныне поселок Петровск).
19 февраля 1941 года отца Геннадия арестовали и обвинили в «дискредитации существующего строя, клевете на Конституцию, руководителей партии и правительства». Подтвердить обвинение следствия отец Геннадий отказался. 9 мая 1941 года он был осужден по ст. 58-10, 58-11 УК РСФСР как «участник а/с группы церковников» и приговорен к 8 годам лишения свободы. 9 июня 1941 года отец Геннадий написал кассационную жалобу на несправедливость приговора, в которой подтвердил свою невиновность в антигосударственном преступлении. В этот же день из его приговора была исключена ст. 58-11, но положение осужденного не изменилось. Допросы и тюремное заключение подорвали здоровье и силы 67-летнего иеромонаха, и 18 декабря 1941 года он скончался в Ярославской тюрьме. Место его погребения неизвестно.
Заказать рукописную икону Преподобномученик иеромонах Геннадий (Летюк)